Hijo de Andrea Prota y Domenica della Monica, siendo niño recibió instrucción musical de su tío, el sacerdote Filippo Prota, maestro di cappella de San Giorgio Maggiore, Nápoles de cuyas obras sólo sobrevive un "Lectio III primi nocturni sabati sancti" para contralto. Ignazio entró en el conservatorio napolitano Santa María di Loreto en 1706, donde completó su formación musical bajo el primo maestro Gaetano Veneziano y el secondo maestro Giuliano Perugino.

El 9 de marzo de 1713 se casó los con la niña de 14 años Caterina d'Ambrosio, de quien nacieron Tommaso, Giovanni y Giuseppe. De sus descendientes Tommaso y Giuseppe, dos nietos, Ignazio y Gabriele, y un bisnieto, Giovanni, fueron músicos. No se sabe la relación de Giuseppe con un Gaetano Prota, oboísta en la orquesta del Teatro San Carlo de Nápoles durante la temporada de 1786. Las primeras noticias de su actividad como compositor datan de la década de 1720. En octubre de 1720 se representó en el palacio real y luego en el teatro de S. Bartolomeo de Mápoles el “Tito Manlio” de Matteo Noris y Carlo Francesco Pollarolo: según el libreto, Ignazio Prota "albergó y dirigió la ópera", para la que aportó un prólogo, varias arias y tres escenas bufas. El 19 de mayo de 1721 compuso su primera ópera bufa, en dialecto napolitano, la ‘mention pe mmuseca’ "La finta fattucchiera", para el Teatro dei Fiorentini con buenos resultados; en el libreto el músico es el maestro de capilla del príncipe de Rocella, Vincenzo Carafa. 

En el mes de marzo siguiente escribe un ‘drama sacro’ para la catedral de Salerno por ‘la devoción de doña Teresa di Luna d'Aragona hacia los ss. Nuestra Señora de los Dolores. 
Después de su nombramiento como maestro del conservatorio napolitano San Onofrio a Capuana en junio de 1722, abrevió su prometedora carrera como compositor operístico en beneficio de la enseñanza. Sirvió en San Onofrio durante 26 años hasta su muerte, primero con el maestro Francesco Feo (1723), luego con  Leonardo Leo (1739), y finalmente con Francesco Durante (1745). Nunca logró el primer puesto, pero fue muy respetado por sus alumnos, entre ellos Gennaro Manna, Nicolò Jommelli, Gaetano Latilla y Domenico Fischietti.

En la década siguiente se documenta la ‘commedia per musica’ “La Camilla” (Antonio Palomba) para el Teatro Nuovo (invierno de 1737). 
Su sucesor en San Onofrio fue Girolamo Abos, que lo había ayudado desde 1742. En 1745 el compositor suplicó a Carlos de Borbón que escribiera para el teatro de San Carlo, pero la solicitud no prosperó.  En  la literatura del siglo XIX (Fétis, Florimo, Eitner) son confundidos varios miembros de la familia Prota, y la biografía de Ignazio se presentaba bajo el nombre de su hijo Giuseppe.